有机化合物数据库（OrganiccompoundsDatabase）是一个由哈佛大学弗吉尼亚研究所开发的免费数据库，可以搜索到的条目包括红外光谱、核磁共振谱、 质谱、紫外光谱等。
BMRB是一个肽，蛋白质，核酸等的核磁共振数据存储库，可查询蛋白质和核酸结构NMR数据，包括指定的化学位移，J变换，弛豫率 以及从NMR研究中产生的化学信息（例如，氢交换速率和pKa值）。
比较毒物基因组学数据库（CTD）是用设在北卡罗来纳州立大学（NCSU）的国立环境卫生科学研究所（NIEHS）提供的资金开发的一个免费数据库，可查询跨物种化学基因/蛋白质相互作用和化学-疾病关系以及基因-疾病关系的精确数据。
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