有机化合物数据库（OrganiccompoundsDatabase）是一个由哈佛大学弗吉尼亚研究所开发的免费数据库，可以搜索到的条目包括红外光谱、核磁共振谱、 质谱、紫外光谱等。
TOXNET是美国国立医学图书馆（NLM）建立的一个门户网站，可免费查询和检索化学品性质与结构、毒理学文献、毒理学信息、风险评估数据及有毒物质释放地图等信息。
剑桥晶体数据中心（CCDC）是一种晶体数据库，可以查询含有C-H 键的小分子晶体结构数据, 处理的分子原子总数在500以内。
SDBS是一个由日本国家先进工业科学技术研究所创办的综合性的有机化合物的光谱数据库系统，可查询质谱、1H-NMR谱、13C-NMR谱、FT-IR图谱、Raman谱和ESR谱7种光谱图的信息。
